For et par dager siden publiserte vi genomet til en armfotinger, nærmere bestemt Discradisca antillarum, i tidsskriftet G3. Brakiopoder er en gruppe skallede, filterfôrende marine virvelløse dyr, også kjent som armfotinger. Selv om de overfladisk ligner på muslinger, er brakiopoder ikke det. Brakiopoder har skall på rygg- og buksiden i stedet for på venstre og høyre side, har ulike skall i stedet for like skall, og har et hull i skallet for stilken som fester dem til bakken.
De tilhører en klade kalt Lophophorata, som også omfatter mosdyr (Bryozoa) og hesteskoorm (Phoronida). Alle disse er kjennetegnet ved en tentakkelkrone, som ser litt ut som en hestesko og kalles lophophor. Brakiopoder har et rikt og mangfoldig fossilbeleg som strekker seg over mer enn 500 millioner år. Denne lange evolusjonshistorien gjør Brachiopoda spesielt viktig for å forstå evolusjonen av den morfologisk forskjellige dyregruppen kjent som Lophotrochozoa. Å forstå forholdet innenfor Lophotrchozoa er en del av målene til InvertOmics-prosjektet.
Siden de har skjell, kan brakiopoder også gi innsikt i evolusjonen av biomineralisering. De fleste slekter produserer skjeletter av kalsiumkarbonat, mens linguliformer bruker kalsiumfosfat. Genomressursene for brakiopoder er imidlertid begrensede. For å muliggjøre komparative og evolusjonære genomstudier av denne kladen, genererte vi en kromosomnivå-samling for discinid-brakiopoden D. antillarum.
I artikkelen presenterte vi både en primær (N = 8) og en haplotype-oppløst (2N = 16) sammensetning. Den primære sammensetningen består, i tillegg til de 8 kromosomnivå-“scaffolds”, også av ytterligere 200 ikke-plasserte “scaffolds”, hvor de 8 kromosomnivå-“scaffolds” utgjør 96,6 % av genomet. Genomet har en BUSCO-score på 95,5 % og består av 29 208 proteinkodende gener. Dette ligger godt innenfor området for andre lophotrochozoan-taksa, som for eksempel bløtdyr.
Sammenligning av den generelle genomarkitekturen mellom D. antillarum og andre lophotrochozoer viste at genomet bevarer alle foreslåtte fusjons-med-blandingshendelser hos forfedrene til lophotrochozoer, samtidig som det avslører nye fusjoner som involverer flere bilaterale forfedres koblingsgrupper. På den annen side viser det også vesentlige forskjeller fra det andre brakiopodgenomet til Lingula anatina. Genomet til D. antillarum vil gi viktig innsikt i brakiopoders evolusjon.
Translated from the English version with DeepL.com (free version)
