CEG har en lang tradisjon for å være vertskap for Erasmus-studenter på praksisopphold. I år hadde vi også to studenter på besøk fra Sardinia i løpet av sommeren. «Erasmus+ er EUs program for å støtte utdanning, opplæring, ungdom og idrett i Europa.» Det er et program som legger til rette for kunnskapsutveksling i hele Europa ved å muliggjøre mobilitet for skoleelever, studenter, forskere og ansatte i hele Europa (og mye mer). Det er en flott mulighet til å lære noe nytt og få interkulturell kompetanse. For å nevne noe privat har en av døtrene våre deltatt i en slik utveksling mellom nederlandske og norske skoler, og både hun og vi hadde en flott opplevelse. I år skal hun igjen delta på utveksling med skolen sin, denne gangen med en skole i Italia. Vi som familie gleder oss til å være vertskap for den unge gjesten fra Italia. Men nå tilbake til studenter som har besøkt forskningsgruppen vår i år.

Sara og Giulia ankom i mai og ble med oss på ekskursjon til Tyskland. Ana har tidligere i år gitt flere detaljer om ekskursjonen. Det primære målet var å samle inn svært små dyrearter, meiofauna, til InvertOmics-prosjektet. Et annet mål var å gi Sara, Giulia og Ana opplæring i hvordan man samler inn ulike grupper av meiofauna generelt. Ana hadde nettopp begynt som tekniker i det nye MeioSkag-prosjektet, som har som mål å kartlegge meiofaunaen i Skagerrak. Sara og Giulia bidro også til dette ved å assistere oss (og spesielt Ana) i dette prosjektet. De tok prøver i felt og sorterte dem i laboratoriet.

I tillegg til feltarbeid i løpet av praksisperioden assisterte Sara og Giulia også i det molekylære laboratoriearbeidet i InvertOmics-prosjektet. Her jobbet de også med disse smådyrene. De jobbet ikke med prøvene vi samlet inn på Nordsjøøya i begynnelsen av praksisperioden, men med forskjellige arter av hjuldyr. Disse hadde vi tidligere fått fra Wilko Ahlrichs, en tysk samarbeidspartner ved universitetet i Oldenburg.

Ettersom hjuldyrene er bittesmå dyr, ofte mindre enn 0,5 mm, har de ikke mye DNA i kroppen. De har definitivt for lite DNA til å kunne brukes direkte i moderne sekvenseringsmetoder. Derfor er de utfordrende arter for moderne genomiske initiativer for biologisk mangfold, som tar sikte på å sekvensere genomene til alle arter på jorden. For å kunne bestemme genomene deres, må vi amplifisere hele genomet. Sammen med samarbeidspartnere ved University of Alabama utforsket vi RepliG-metoden i denne forbindelse, og det ga tilfredsstillende resultater (et innlegg om dette vil snart komme etter hvert som artikkelen blir akseptert av Genome Biology and Evolution).

Sara og Giulia brukte nå to forskjellige RepliG-metoder (Advanced og Standard) på til sammen 52 prøver fra 11 arter. De hadde god suksess med det og fant noe interessant. Intuitivt skulle man forvente at Advanced gir bedre resultater enn Standard. I deres tilfelle genererte Advanced 25 % lengre gjennomsnittlige fragmentlengder. Så langt som forventet. Imidlertid var den oppnådde mengden med 120 % vesentlig høyere med Standard-metoden enn med Advanced. Standard-metoden var derfor faktisk bedre egnet for disse dyrene enn Advanced-metoden. Moderne sekvenseringsteknologi er svært etterspurt, og derfor kan det alltid ta litt tid før man får de faktiske sekvenseringsresultatene. Vi forventer å få disse i morgen, mandag 9. desember. Da får vi se hvordan arbeidet til Sara og Giulia har fungert i selve sekvenseringsprosessen. Jeg krysser fingrene for noen fine, tidlige julegaver.

Sara og Giulias praksisopphold endte imidlertid ikke der. På slutten av praksisperioden jobbet de også med sekvenseringsdata fra en annen hjuldyrart som vi hadde i laben vår. De lærte hvordan man assemblere disse dataene og hvordan man vurderer kvaliteten på dem. Jeg kan bare takke begge for innsatsen og engasjementet de har lagt ned i praksisperioden, og de er to fantastiske og begavede studenter. Hvis du er på utkikk etter sterke ph.d.-studenter, kan du derfor ta kontakt med meg, så skal jeg se om de er interessert i å snakke med deg.

Teksten er oversatt fra den engelske versjonen ved hjelp av DeepL.