Denne uken var den siste hele uken før juleferien, hvor alle går på sin velfortjente ferie. Men til tross for at det har vært en rolig uke på museet, var det en stor dag for Nhu Dinh i dag. Hun forsvarte nemlig masteroppgaven sin i dag. Gratulerer Nhu Dinh. Nå er du en Master of Science.
Nhu Dinhs oppgave var en del av InvertOmics-prosjektet, der vi ønsker å bestemme genomer for ulike marine virvelløse dyr for å forstå deres evolusjon bedre. Nhu Dinhs vei til avhandlingen bød på mange tilbakeslag, og det ble nødvendig å gjøre endringer. Opprinnelig hadde hun planlagt å jobbe med mosdyr og skaffe genomer av høy kvalitet for dem. Det som virket som en god oppgave for en masteroppgave, viste seg å være litt av en utfordring. Etter flere tilbakeslag med å få tak i DNA av høy nok kvalitet og mengde, bestemte vi oss for å bytte gir.
Hun konsentrerte seg om fire arter av leddorm. Tre av dem var representanter for meiofauna-gruppene, og de er følgelig ganske små. Hun forsøkte å bruke den nye protokollen som Nick Roberts har utviklet for små gastrotrich- og nematodarter ved hjelp av helgenomamplifisering (se blogginnlegget som kommer i morgen). Selv om fragmentstørrelsene var mindre enn det Nick fikk, var mengden ganske bra og tilstrekkelig til å gå videre. Da sekvenseringsdataene kom tilbake, fikk vi imidlertid nok en dårlig overraskelse. Alle kvalitetsparametrene for assemblering var dårlige, og det viste seg at mesteparten av det amplifiserte DNA-et ikke var fra målartene våre, men fra bakterier, virus og protister, altså andre småting. Noen måneder etter disse nedslående resultatene har vi nå samlet mer erfaring med andre grupper enn Annelida, og det ser ut til at protokollen fungerer godt for noen grupper, mens den er en utfordring for andre. Dette gir oss i det minste en pekepinn på hva vi skal prøve videre.
Heldigvis jobbet Nhu Dinh parallelt også med en stor leddormart. Dette var en art i artskomplekset Scoloplos armiger, nærmere bestemt en art fra den såkalte intertidalgruppen. Eksemplaret hun sekvenserte, kan sees ovenfor. Dette viste seg å være ganske fantastisk. Ekstraksjonen av DNA-et var en av de beste vi har hatt så langt i laboratoriet vårt, sekvenseringen gikk veldig bra, og assembleringen ser veldig bra ut. Genomstørrelsen er 2,6 Gbp i stedet for det opprinnelige estimatet på 0,5 Gbp i GoaT. Dermed er det også på menneskestørrelse og fem ganger større enn det til Orbinia bioreti, som var grunnlaget for estimeringen. Gitt den store genomstørrelsen, var dekningen med 16x lavere enn forventet, og genomet er fortsatt veldig fragmentert med litt mer enn 1000 contigs, men vi kunne også få noen veldig store contigs. Den lengste er større enn 29 Mbp, og N50 er 5,9 Mbp. Genomet er også ganske komplett. Vi jobber videre med det og planlegger nå å generere kromosomnivået ved hjelp av HiC-metoden.
Men historien sluttet ikke her. Vi hentet også ut mitokondriegenomet, eller rettere sagt mitokondriegenomene, fra assemblering. Det ene individet hadde 16 av dem med ulik dekning, fra 2x til mer enn 500x. De var mer identiske med unntak av en region, som varierer i lengde mellom 8 og 15 kbp. Denne regionen er full av repeterende enheter, og det ser ut til at vi har funnet et nytt tilfelle av heteroplasmi. Etter den i Hydroides elegans, er dette den andre.
Teksten er oversatt fra den engelske versjonen ved hjelp av DeepL.
