Vi er glade for å kunne kunngjøre den første genomutgivelsen fra InvertOmics-prosjektet i Genome Biology and Evolution. Genomet til Emplectonema gracile har blitt sekvensert og generert på referansenivået til EBP-standardene. Hva betyr dette? Kvaliteten på genomet er av så høy kvalitet at det kan brukes som referanse for andre studier som bruker genomiske data av lavere kvalitet, og veilede analysene av dataene. I dette tilfellet betyr det at vi klarte å gjenfinne hvert enkelt kromosom i prøven vi sekvenserte. Dessuten var det nesten ingen hull i kromosomene. Noe som bare er oppnådd for det menneskelige genomet for ikke så lenge siden.

Eksemplarene vi tok til denne studien var blant de første vi samlet inn til prosjektet, fortsatt under Covid-tiden (se dette innlegget). Emplectonema gracile kalles også den grønne slimmarken, siden det er en mark i gruppen Nemertea, og den er veldig grønn. Slimormer produserer mye slim, og dette kan noen ganger være en utfordring for genomiske studier, ettersom slimet kan forstyrre eksperimentene i laboratoriet (hvis du vil lære mer om nemertean, se dette blogginnlegget). Etter flere forsøk klarte Alberto imidlertid å optimalisere protokollen for å få DNA av høy kvalitet ut av ormene. Med en kombinert internasjonal innsats, inkludert folk ved museet, Norsk sekvenseringssenter og University of Alabama, klarte vi å få de nødvendige dataene og de bioinformatiske analysene gjort. Dette genomet var også en del av ERGA-pilotgenomarbeidet (se blogginnlegg).

Så hvordan ser genomet ut? Genomet har en størrelse på 157,9 Mb, noe som tilsvarer omtrent en tjuendedel av størrelsen på det menneskelige genomet. Det har 17 kromosompar, og vi kunne finne 95,1 % av de komplette BUSCO-genene. BUSCO-gener er et sett med gener som man vanligvis finner hos dyr, og det kan derfor vise hvor stor del av genomet som sannsynligvis er funnet. Verdier over 90 % regnes som målestokken for et komplett genom, ettersom man ikke overraskende aldri finner alle genene. Annoteringen av genomet forutså at det finnes 20 684 proteinkodende gener i genomet. Det er i samme størrelsesorden som for mennesker.

Teksten er oversatt fra den engelske versjonen ved hjelp av DeepL.

Alberto Valero-Gracia, Nickellaus G Roberts, Meghan Yap-Chiongco, Ana Teresa Capucho, Kevin M Kocot, Michael Matschiner, Torsten H Struck, First Chromosome-Level Genome Assembly of a Ribbon Worm from the Hoplonemertea Clade, Emplectonema gracile, and Its Structural Annotation, Genome Biology and Evolution, Volume 16, Issue 7, July 2024, evae127, https://doi.org/10.1093/gbe/evae127