I forrige uke, 11. og 12. april, gikk den andre norske Biodiversitets- og genomikkonferansen i regi av EBP-Nor av stabelen i Forskningsparken i Oslo. Konferansen hadde interessante foredrag av Aoife McLysaght, Alexander Suh, Lene Lange og Olga Vinnere Petterson, men også vår gruppe var sterkt representert på konferansen. Med 5 foredrag bidro vi med nesten 22 % av alle bidratt foredragene og viste hele bredden og dybden i CEGs forskning innen biodiversitetsgenomikk. Fra Naturhistorisk Museum var det kun ett annet bidrag på konferansen, som ikke var fra CEG.
Vår foredrager startet på den første dagen med en presentasjon av vår masterstudent Pia Merete Eriksen med tittelen «Another step up the phylogenetic hill: Assessing the viability of macrosynteny as a phylogenetic trait in Lophotrochozoa». I foredraget presenterte hun det generelle temaet makrosynteni som fylogenetisk markør, og hvordan hun i masteroppgaven sin har tenkt å bruke dette for å undersøke den fortsatt helt uavklarte fylogenien til Lophotrochozoa, en av de tre store dyregruppene. Dette arbeidet bidrar også til å nå målene for InvertOmics-prosjektet.
Men den andre dagen var virkelig vår dag. Den startet med en presentasjon av Torsten Struck («Species selection for large scale genome projects an automated process based on explicitly bottom up defined criteria»), der han forklarte prosedyrene for hvordan man objektivt kan velge ut arter fra forslag fra fellesskapet i store internasjonale prosjekter som BGE, som CEG er en del av. Dette viste også fordelen ved å utvikle slike prosedyrer i et fellesskapsdrevet prosjekt, ettersom det ble utviklet av ERGA-fellesskapet, som inkluderer flere medlemmer av CEG-gruppen.
Deretter fortsatte foredragene våre på konferansen med Marvin Choquets engasjerte foredrag («Unlocking the first large genome of the key zooplankton genus Calanus: challenges and insight») om genomforskning på den økologisk og også økonomisk viktige raudåtearten Calanus. De presenterer noen av de typiske hindringene vi står overfor når vi nå utvider genomforskningen til å omfatte andre arter enn de vanlige mistenkte, som virveldyr, insekter og planter. De er svært små, men har genomer som er minst dobbelt så store som et menneskes genom. Denne forskningen er relatert til STADIS-stipendiatstillingen Marvin har.
De to siste foredragene våre gikk tilbake til forskningen i InvertOmics-prosjektet vårt. Det første foredraget ble holdt av vår postdoktor James Fleming om «BOSTIn – Brukervennlig programvare for å vurdere potensielle problemer i genomiske datasett», der han presenterte all den metodiske utviklingen vi gjør i dette prosjektet, som for eksempel den nye nRCFV-scoren. BOSTin er et verktøy som gjør det mulig å implementere alle disse metoder på en brukervennlig måte i én og samme løsning. Det er alltid fascinerende å se hvor engasjerende han kan presentere et komplisert matematisk eller bioinformatisk emne for biologer.
Til slutt presenterte vår doktorgradsstudent Alberto Valero Gracia «Homeotic genes and 3D genomics in Nemertea». Han ga en oppdatering om sitt arbeid med de fem Nemertea-genomene som er generert med svært høy kvalitet i avhandlingen hans. Det sluttet også sirkelen til det første foredraget til Pia, ettersom det også presenterte innsikten man kan få ved å se på makro- og mikrosynteni til disse genomene. Denne gangen ikke fra et fylogenetisk perspektiv, men fra et perspektiv på utviklingen av disse genomene.
Alle foredragene ble svært godt mottatt og resulterte i mange diskusjoner i etterkant. CEG kunne vise at det foregår genomforskning på høyt nivå ved Naturhistorisk Museum, og at vi er involvert i mange genomiske initiativer.
Teksten er oversatt fra den engelske versjonen ved hjelp av DeepL.
