Pilotprosjektet European Reference Genome Atlas (ERGA) har lykkes med å forene forskere fra hele Europa for å produsere referansegenomer av høy kvalitet for 98 arter. Denne kontinentale innsatsen legger grunnlaget for en ny, inkluderende og rettferdig modell for genomikk innen biologisk mangfold. Dette har resultert i flere publikasjoner, som er publisert som spesialnummer av npj Biodiversity i dag. Med InvertOmics-prosjektet vårt bidro vi også til denne pilotstudien ved å sekvensere referansegenomet til den grønne slimmarken Emplectonema gracilis (se egen artikkel og blogg). På grunn av dette var vi også involvert i to artikler: en om selve pilotprosjektet og en om prosedyrene for utvelgelse av arter (artikkel om ERGA-piloten, artikkel om utvelgelse og kontekstualisering av arter). Dette er en av de mange sterke prestasjonene i dette pilotprosjektet. Dessuten har det lagt grunnlaget for anvendelsen av Biodiversity Genomic Europe (BGE)-prosjektet.

Begge artiklene er publisert som preprints tidligere (preprint om ERGA-piloten, preprint om artsutvalg), og flere detaljer om hver artikkel ble allerede presentert i to tidligere blogginnlegg (innlegg om ERGA-piloten, innlegg om artsutvalg; begge er bare på engelsk). Denne store innsatsen i piloten ble ledet av Ann M Mc Cartney, Giulio Formenti og Alice Mouton, og de gjorde en formidabel jobb med å samle alle de forskjellige leverandørene, få prøvene til sekvenseringssentrene og dataene samlet inn. Derfor vil vi takke dere for det gode arbeidet dere har gjort hele veien.

Dette banebrytende initiativet samlet et stort samarbeidsnettverk av forskere og institusjoner i 33 land for å produsere referansegenomer av høy kvalitet for 98 europeiske arter. Dette markerer en viktig milepæl i arbeidet med å skape en høykvalitets referansegenomdatabase for alle europeiske dyr, planter og sopp. Pilotprosjektet har gitt verdifull lærdom og satt søkelyset på viktige utfordringer, og ERGA er blitt en modell for desentraliserte, inkluderende og rettferdige genomikkinitiativer for biologisk mangfold over hele verden. Artikkelsamlingen i spesialnummeret gir en bred oversikt over pilotprosjektet, prosedyrene for innsamling og behandling av prøver og innsikt i utviklingen av nasjonale noder som er et resultat av pilotprosjektet. Samlingen vil bli utvidet etter hvert som artikler knyttet til pilotprosjektet blir tilgjengelige.

Blant milepælene i prosjektet er de første genomene på kromosomnivå av arter fra Hellas, et av Europas land med størst biologisk mangfold. Arter som kretisk murfirfisle og aristotelisk steinbit ble samlet inn av lokale forskere i Hellas for å produsere genomer som nå er åpent tilgjengelige for alle over hele verden. Dette er et godt eksempel på hva man kan oppnå ved å forene et internasjonalt fellesskap av forskere på biologisk mangfold og fremme samarbeid mellom og innad i land. ERGA-piloten la vekt på rettferdighet og inkludering, med mål om at genomforskning og ressurser skal være tilgjengelig for alle, uavhengig av geografiske grenser. For mange av de deltakende forskerne og landene var prosjektet den første muligheten til å delta aktivt i arbeidet med å generere toppmoderne genomiske referanseressurser for det biologiske mangfoldet i deres hjemland.

ERGA Pilot har også bidratt til å skape momentum og synliggjøre den økende betydningen av genomikk for biologisk mangfold i og utenfor Europa. Genomdata har et enormt potensial til å gi informasjon om bevaringstiltak for truede arter og åpne opp for oppdagelser innen helse, bioøkonomi, biosikkerhet og mange andre bruksområder. Blant artene som er sekvensert i prosjektet, er for eksempel gullbrosme – en kommersielt viktig fiskeart fra det nordlige Atlanterhavet. Det nye referansegenomet vil gjøre det mulig for forskere å foreta mer nøyaktige vurderinger av den genetiske statusen til artens bestander, noe som til syvende og sist vil gi grunnlag for forvaltningsbeslutninger som sikrer at fiskepraksisen er bærekraftig og ansvarlig.

Det globale forskersamfunnet arbeider for å utnytte det fulle potensialet som ligger i genomdata, og etableringen av et europeisk samarbeidsnettverk under ERGA-paraplyen bidrar til å akselerere den vitenskapelige utviklingen og gjøre det lettere å omsette den til konkrete fordeler for det biologiske mangfoldet og samfunnet. I tillegg hjelper nettverket forskere på alle karrierestadier med å finne og dele muligheter for opplæring, partnerskap og finansiering.

Teksten er oversatt fra den engelske versjonen ved hjelp av DeepL.

Mc Cartney, A.M., Formenti, G., Mouton, A. et al. The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics. npj biodivers 3, 28 (2024). https://doi.org/10.1038/s44185-024-00054-6

Böhne, A., Fernández, R., Leonard, J.A. et al. Contextualising samples: supporting reference genomes of European biodiversity through sample and associated metadata collection. npj biodivers 3, 26 (2024). https://doi.org/10.1038/s44185-024-00053-7