Fra 12. til 16. august dro jeg på feltarbeid ved Kristineberg senter for marin forskning og innovasjon (Sverige) sammen med Thomas Schwaha fra Universitetet i Wien (Østerrike) og Nick Roberts fra University of Alabama (USA). Hovedmålet med feltarbeidet var å finne Phoronis ovalis til InvertOmics-prosjektet for å få et referansegenom av den. I likhet med månedens gruppe i denne måneden, polydoridormene, er Phoronis ovalis en boremask som borer hull i ulike muslingskall. Phoronida er en liten gruppe av dyr og var månedens gruppe i forrige måned. Der kan du lære mer om disse dyrene. I dag vil jeg konsentrere meg om hvordan vi kan ta prøver av disse ormene.

I likhet med et tidligere innlegg om innsamling av meiofauna, involverer prøvetaking av materiale til genomforskning vanligvis ikke svært moderne og sofistikerte verktøy, men heller robuste. Siden disse dyrene lever i skjell fra muslinger, er det første steget å samle inn slike skjell fra havet. Dette er noe litt annet enn å samle inn fine skjell på stranden.

Vi tok derfor forskningsfartøyet til stasjonen og gikk ut i Gullmarsfjorden og Skagerrak foran den. Gullmarsfjorden er ca. 25 kilometer lang og har en dybde på 45 meter ved munnen og opp til 125 meter på det dypeste. Det er Sveriges mest karakteristiske fjord med en terskel ved munnen, med bratte strandlinjer og dypere vann i midten. Det er sannsynligvis den eneste ekte fjorden i Sverige. Navnet stammer fra det gammelnorske «Gullmarn», som betyr en guds hav.

Ute ved havet brukte vi en liten mudder for å skrape sediment og dermed skjell fra havbunnen. Mudderet ble senket ned i sjøen til det traff bakken. Deretter ble den sakte trukket over bunnen og rørte opp sedimentet på bunnen og samlet alt i og på sedimentet i et nett. Siden båten går sakte under dette og mudderet også virker litt som et anker, må man være veldig forsiktig når man befinner seg på åpent dekk, da båten er mer utsatt for bølger enn når man kjører fortere.

Mudderet trekkes deretter opp på dekk ved hjelp av vinsjen, og vi håper bare at det er fullt av skjell som vi kan samle inn til arbeidet vårt. Mudderet tømmes på arbeidsflaten, og alt sedimentet og slammet vaskes bort med sjøvann ved hjelp av en slange mens vi sorterer ut skjell og dyr. Skjell og dyr som vi ønsker å beholde, legger vi i en bøtte (en eller to separate bøtter for hver lokalitet), og de uønskede skjellene kastes tilbake i havet.

Tilbake på stasjonen blir skjellene og dyrene overført fra bøttene til tanker med rennende sjøvann, slik at dyrene holdes glade og i live. Nå plukker vi ut forskjellige skjell og begynner å bryte dem fra hverandre ved hjelp av hammer, tang og rørtang for å få større biter. Ofte går skjellene i stykker langs hullene i skjellene, som er naturlige bruddpunkter fordi hullene svekker strukturen. Under stereomikroskopet undersøker vi så disse større bitene for hull og huler, og bryter disse forsiktig opp med ulike pinsetter til vi kan hente dyret ut av hulen (hvis det finnes en). Deretter identifiserer vi dyret, rengjør det, tar bilder av det og konserverer det for fremtidige eksperimenter. En konserveringsmetode for genomforskning er å fryse dem ned i løpet av sekunder ved hjelp av flytende nitrogen. Denne prosedyren bevarer vevets integritet best mulig, og dermed også DNA-et.

Teksten er oversatt fra den engelske versjonen ved hjelp av DeepL.